La fauna tiene una distribución similar a la flora. En la costa se encuentran monos, pumas, jaguares, osos hormigueros, tapires, zorros, el cocodrilo en los ríos, las serpientes en la selva y multitud de aves; en la Sierra, gran variedad de aves, lobos, raposas, conejos y el ganado doméstico de las zonas templadas. La fauna de la región Oriental es mucho más variada con cuadrúpedos, felinos, plantígrados, reptiles, ofidios, aves e insectos.
En el piso frío interandino hay aves como el cóndor, el curiquenque, la perdiz, el veranero; en la zona templada están los gallinazos, las tórtolas, los colibríes, los gavilanes, las lechuzas y los guirachuros.
En el país abundan las tortugas y las tortuguillas, con especies gigantes en las islas Galápagos, y las iguanas y los lagartos.
En los ríos y las lagunas viven el bagre, la lisa, la dama, el barbudo, la bocachica, los bufeos y los manatíes o vacas marinas.
Las islas Galápagos son un mundo aparte y exclusivo. Su fama se debe a que gracias al estudio de sus endemismos Charles Darwin elaboró su teoría de la evolución por la selección natural. Especies endémicas de singular importancia que habitan las islas son:
* Tortuga Gigante o Galápago, que es el animal que dio nombre a las islas.
* Iguana terrestre
* Iguana marina
* Gaviota negruzca.
* 13 especies endémicas de pinzones, conocidos como pinzones de Darwin.
* El Pingüino de Galápagos.
* Una especie de cormorán no volador.
* El cernícalo o gavilán de las Galápagos.
* La garza enana de las Galápagos.
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